События игры связаны с финалом сериала, а за сценарий отвечает Даррик Бачман, ответственный за заключительный сезон шоу. В «Битве сквозь время» предстоит путешествовать по мирам известных эпизодов первоисточника, чтобы сразиться с главным злодеем и окончательно победить его.